根据囊尾蚴寄生部位分为脑囊尾蚴病、眼囊尾蚴病与皮肌型囊尾蚴病三种：
1.脑囊尾蚴病：
临床表现轻重不一，以癫痫发作最常见，占52%～85%。根据囊尾蚴寄生部位及病理变化有如下4型：
(1)皮质型：占脑囊尾蚴病的84%～100%，囊尾蚴多寄生在运动中枢的灰质与白质交界处。如果虫数少又不活动，可无症状。若寄生于运动区，则以癫痫为突出症状，可有局限性或全身性短暂抽搐或癫痫持续状态。癫痫在脑囊尾蚴病中发生率为50%～93.5%，常为就诊时患者的主诉严重感染者颅内压增高，可出现头痛、恶心、呕吐。长期颅内压增高，脑组织萎缩者可发生头晕、记忆力减退视力障碍、视物变形、幻觉精神异常、痴呆等表现。病程达数月至数年不等。
(2)脑室型：以第四脑室为多见。六钩蚴经血循环至脑室脉络丛，并随脑脊液至第四脑室。囊尾蚴阻塞脑室孔，故在早期出现颅内压增高综合征。囊尾蚴悬于室壁，呈活瓣状，患者急转头部可突发眩晕、头痛、呕吐或循环呼吸障碍而猝死或发生小脑扁桃体疝这种现象称Brun征或体位改变综合征。患者常有颈强直，强迫头位。
(3)蛛网膜下腔型或颅底型：主要病变为囊尾蚴性脑膜炎。常局限在颅底颅后窝。初期有低热，临床上多以亚急性或慢性脑膜炎与蛛网膜粘连所致症状为主，有头痛、呕吐、颈项强直等颅内压增高综合征，以及眩晕、听力减退、耳鸣、共济失调面神经麻痹等预后较差。
(4)混合型：以上各型混合存在，如皮质型和脑室型并存，症状最重。
另外，偶有囊尾蚴寄生于椎管，压迫脊髓，产生截瘫者。
2.眼囊尾蚴病：
占囊尾蚴病的1.8%～15%。囊尾蚴可寄生于眼内外各处，以玻璃体及视网膜下多见。寄生于视网膜者可造成视力减退视网膜剥离、失明；寄生于玻璃体和前房者患者感觉眼前有黑点或黑影飘动；寄生于外眼部者可见结膜下或睑内包块结节。囊尾蚴眼内寄生常引起虹膜睫状体炎、脉络膜炎、眼压增高和继发性青光眼等。检眼镜、裂隙灯检查可见视网膜下或玻璃体内的囊尾蚴，呈一浅灰色圆形或椭圆形的囊泡周围有红晕光环，可见虫体蠕动。
3.皮下组织及肌肉囊尾蚴病：
囊尾蚴寄生于皮下组织和肌肉，少者一两个，多者千余，呈结节肿块，黄豆大小，圆形或卵圆形，质地较硬有弹性以头颈部及躯干较多，四肢较少，手足罕见。囊尾蚴结节与皮肤不粘连，不痛不痒，可分批出现，自行消失。肌肉内结节可引起肌肉肿胀，个别呈假性肌肥大，外形肌束丰满，而患者感疲乏无力。囊尾蚴死后发生钙化，X线检查可见钙化阴影。
囊虫结节的数目可自1～2个至数百、数千个不等，以头部、躯干部较多，四肢较少。皮下结节可自由移动。与皮肤组织不粘连、无痛痒，也无炎症反应及色素沉着。结节可陆续分批出现，亦可渐渐自动消失，个别患者可出现假性肌肥大。
诊断：
①有囊虫病史，或粪便中发现虫卵。
②出现癫痫、颅内高压、精神障碍三大症状，或同时伴有视力障碍，皮下结节。
③免疫学检查：有补体结合试验、间接血凝试验、酶联免疫吸附试验等，阳性者有助诊断。
④X线检查：约患病后10年左右才能出现囊虫病钙化像。肌肉钙化影常见，大多为卵圆形，平均长1.2cm_宽0.3cm。阳性率达70%左右，颅内囊虫钙化影阳性率较低，约占10%。
⑤皮下结节活组织检查可见囊尾蚴头节。
预后：
一般皮下组织和肌肉的囊虫病，若病程短，又不伴其他类型的囊虫病，且能坚持长期治疗者，治愈率高，预后较好。
皮下结节者应与皮脂囊肿、多发性神经纤维瘤风湿结节、肺吸虫病皮下结节等鉴别。眼囊尾蚴病应与眼内肿瘤、异物葡萄膜炎视网膜炎等鉴别。