应用于心脏方面的磁共振序列主要分为解剖形态学成像，心功能成像和心肌活力评价。
心脏和大血管的解剖成像是每个心脏磁共振的最基本部分，无论是先天畸形还是解剖正常的患者都需要进行检查，来观察心脏大小、位置、旋转等。
除了传统的轴、矢、冠三个成像平面外，心脏还需要特殊的几种斜面成像。包括长轴位、短轴位、流入流出道观察瓣膜、大血管、甚至冠脉等。
常见心脏形态学成像序列有黑血和亮血两种，在9月30日的短文中进行了介绍。通常这两种序列都在舒张期采集多层以覆盖整个心脏范围。
上排依次为长轴位（四腔心）黑血序列，短轴位（两腔心）黑血序列，右室流出道（亮血序列）
下排依次为右冠，主动脉弓，左室流出道
黑血序列通过多个IR实现血液信号（DIR）或血液及脂肪信号（TIR）的抑制。亮血序列主要是稳态平衡自由进动序列FIESTA，图像对比度取决于血液的T2/T1比例比较大。
心脏电影成像cine在单个层面位置进行16~32个多相位重复扫描，通过EKG门控和呼吸屏气扫描，多相位的FIESTA亮血序列可以记录整个心动周期来观察收缩期和舒张期室壁、瓣膜等结构的运动情况，也可以定量分析心功能参数。瓣膜狭窄或者关闭不全等异常情况容易形成局部湍流，在图像上表现为血液信号降低，可以帮助我们诊断心功能异常。
心肌活力评价通过钆剂增强实现，常用序列为T1W 带翻转的快速梯度回波序列。1.5T 上选择TI 250~350ms来实现心肌抑制。
采集完增强前的蒙片后，一边注射半剂量的造影剂一边进行首过灌注成像，然后再注射另一半剂量的造影剂，延迟10分钟和20分钟进行成像。延迟强后是亚急性心梗及其他多种疾病的表现。
使用药物负荷实验的首过灌注和延迟增强可以提高CMR的敏感性。过去常用药物是多巴酚丁胺，现在可用腺苷、潘生丁等药物。
从左到右依次为四腔心，首过灌注（可见左室局限性心肌变薄)，心肌延迟强化(相应区域在MDE图像表现为明显的高信号，正常心肌信号受抑制)