两侧基底节区多发点状钙化，考虑以下鉴别诊断：
1、甲状旁腺功能减退：基底神经节对称性钙化最常见，其他如大脑、小脑、脉络膜丛、大脑镰、皮肤、肌腱、脊椎韧带也可见散在钙化。
2、结节性硬化：以室管膜下结节为主，多数有双侧、对称、多发，可累及基底节；室管膜下星型细胞瘤也见钙化，少数见于皮质内。钙化表现为斑点片，每个钙化均较小，散在分散。常有面部皮质腺瘤。
3、Down综合征（国内又称为先天愚型）：以弥漫性脑萎缩为主，少数伴有双侧基底节钙化。常伴有小脑发育不良。
4、Tay－Sachs病（指一种与神经鞘脂代谢相关的隐性常染色体遗传病，因缺乏脂粒酶己糖脱氨酶A导致皮质和小脑的神经细胞及神经轴索内神经节苷脂GM2积聚、沉淀。视网膜神经纤维变性）：偶见基底节及皮质的斑点状钙化，但无特征性。
5、Cockayne综合征（纹状体小脑钙化和白质营养不良综合征、侏儒症、视网膜萎缩和耳聋综合征）：基底节钙化和小脑钙化斑片状脱髓鞘样改变。
6、Fahr病（特发性基底节钙化症、锥体外系铁钙沉着症或特发性家族性脑血管亚铁钙沉着 症）：常表现为双侧基底节对称性钙化，有时可见丘脑、小脑齿状核及双侧半卵圆区。基底节钙化常呈铸行，表现为圆柱行，或倒八形等，其次为小店状、簇状、片状，也可见较广泛见于额、顶。颞枕皮髓交界区，呈点片状或条状带。
7、HSD（苍白球-黑质色素变性）：表现为双侧基底节对称性低密度伴斑片状高密度钙化病灶，尤以苍白球为甚。
8、类脂蛋白沉积症：也可出现基底节钙化，更多见于蝶鞍外侧颞区内侧的局限性豆型钙化。眼、牙、骨发育异常同样也可以出现基底节的钙化，也同时具有其他的明显异常。
9、炎症感染：小儿弓形虫病脑内改变以钙化常见，且以基底节点状或弧线状钙化多见。新生儿期、婴幼儿期脑CT表现室管膜下钙化斑伴有脑室扩张、脑发育不良应考虑脑先天性感染，此外可见侧脑室旁或灰白交界小片状低密度区、脑积水及脑发育不良，AIDS、囊虫病、麻疹、风疹等也可见钙化。典型结核球呈环状或蛋壳状钙化，同时伴有病灶周围水肿。
TORCH感染：TORCH是一组病原微生物的英文名称字头组合，其中To代表刚地弓形体（Toxoplasma gondii），R代表风疹病毒（Rubella Virus），C代表巨细胞病毒（Cytomegalovirus），H代表单纯疱疹I型和II型病毒（Herpes Simplex Virus I and II）。
典型CT表现：1：颅内钙化，出现于室管膜下，基底节区，脑白质中，多为小点状，弧线状，板块状，其中巨细胞病毒感染出现率达40%。2：软化灶；多位于基底节区及大脑半球。3：脑室扩大，多为双侧脑室的明显扩大。4：脑发育障碍。
10、新生儿缺氧：也可以引起颅内钙化。
11、肾小管性酸中毒伴骨质疏松症，碳酸苷酶II缺乏病：AR遗传，临床主要表现为发育迟缓，脑内多发钙化。