假性囊肿特别是非典型者，因其内含有凝血块、坏死组织或周边钙化加之囊壁厚度不均很难与黏液性囊腺瘤相互区别，但假性囊肿在逆行胰管造影（ERCP）上多见囊肿与主胰管相通（60%-65%），而囊性肿瘤则较少相通（<30%）。假性囊肿在ERCP上还常表现出慢性胰腺炎胰管的改变。CT上常表现为光滑薄壁囊肿，增强时囊壁及其实性成分无强化。病变部位以外的胰腺内可见钙化点，血管造影时显示无血管区。除以上影像学鉴别外，典型的胰腺炎病史或外伤史以及术中特异性的发现亦有助于鉴别诊断。
2.潴留性囊肿
由主胰管受压或梗阻引起。显示为均质、边界清楚的薄壁囊肿。CT和ERCP常能发现阻塞胰管的实性肿瘤或导致胰管阻塞的慢性胰腺炎证据。
3.黏液性胰腺导管扩张症
在CT表现上与多囊的囊腺瘤很相似，但它属于导管内的病损。
4.无功能性胰岛细胞瘤及平滑肌肉瘤
当中央有坏死时，可出现单房甚至多房性厚壁囊肿，也可有钙化。但增强扫描时，此类肿瘤的对比程度大大超过了胰腺囊性肿瘤。
5.乳头状囊性肿瘤
乳头状囊性肿瘤少见，几乎都发生在年轻女性，可与囊腺瘤相鉴别。影像学上肿瘤有清楚的边界，内部结构为囊实混合或厚壁囊肿。